Bien que la Fondation abritée ne dispose pas de personnalité juridique ni fiscale, cela n’implique pas qu’elle ne puisse jouir de ressources propres. En effet, lors de sa création, la fondation abritante et la fondation abritée s’entendent sur l’affectation de biens, ressources et droits en vue de la réalisation des objectifs définis contractuellement, ces fonds individualisés font l’objet d’un compte en fonds dédiés en comptabilité analytique par la fondation abritante.  

L’Institut Pasteur et les membres fondateurs de la Fondation abritée définiront donc contractuellement (convention qui constituera les statuts de la fondation abritée) des ressources propres à allouer à la Fondation abritée dont seule cette dernière pourra disposer.  

De plus, une fois créée, la Fondation abritée pourra recevoir en son nom des financements afin de les allouer à ses activités. A ce titre, les donateurs pourront bénéficier par capillarité des avantages fiscaux liés au statut de l’Institut Pasteur en tant que fondation abritante  lors de leurs legs et donations à la Fondation abritée suivant les accords fiscaux bilatéraux ou européens en vigueur entre le pays de provenance des fonds et la France.