Suite à la récente flambée épidémique de monkeypox, des chercheurs du Pasteur Network et de l’ANRS | Maladies infectieuses émergentes signent un portrait complet de la maladie dans le New England Journal of Medicine. L’occasion de revenir sur les signes de la maladie, son origine mais aussi sur les projets la concernant au sein du Pasteur Network tel AFRIPOX porté par l’Institut Pasteur et en collaboration avec l’Institut Pasteur de Bangui.

Toutes les informations sur cette publication sont à lire dans l’article dédié sur le site de l’Institut Pasteur.


Pour aller plus loin :
Article de l’Institut Pasteur : Variole du singe / MonkeyPox : un « portrait-robot » de la maladie
Review article: Monkeypox
New England Journal of Medicine, 26 octobre 2022.
Antoine Gessain, M.D., Emmanuel Nakoune, Ph.D., and Yazdan Yazdanpanah, M.D.
DOI: 10.1056/NEJMra2208860

Lors d’une épidémie, il peut arriver qu’aucun test diagnostique ne soit parfaitement adapté au pathogène. Pour endiguer le plus rapidement possible l’épidémie, le dépistage se fait alors en utilisant plusieurs tests. L’interprétation des résultats des différents tests devient alors plus complexe, ce qui peut rendre le diagnostic individuel difficile et conduire à une mésestimation de la prévalence de la maladie. En prenant pour étude de cas l’épidémie de peste ayant touché Madagascar en 2017, des chercheurs de l’Institut Pasteur et de l’Institut Pasteur de Madagascar proposent un cadre analytique afin de caractériser la performance des différents tests et d’estimer la prévalence réelle de l’épidémie. Publiés dans la revue Plos Biology, ces résultats permettront d’améliorer la qualité du diagnostic lors de futures épidémies.

Entre août et novembre 2017, 2.414 cas cliniquement suspectés comme porteurs de Yersinia pestis, le bacille de la peste, ont été notifiés, avec une grande proportion de peste pulmonaire. Les échantillons ont alors été analysés à l’aide de trois types de tests de diagnostic : la culture bactérienne, le test rapide de détection de la peste et la biologie moléculaire ou qPCR. D’importants écarts ont été observés entre les différents tests, rendant l’interprétation des résultats complexe. La plus forte incertitude portait sur l’étendue de l’épidémie de peste pulmonaire, les cas positifs variant de 1 % à 18 %. Le cadre analytique utilisé dans cette étude a permis d’estimer que 7 à 15% des cas suspects était porteurs de Yersinia pestis pour cette épidémie.

Estimer les performances d’un test diagnostique

Deux paramètres, la spécificité et la sensibilité, déterminent la performance d’un test. La spécificité est la probabilité d’être dépisté négatif lorsque que l’on n’est pas infecté tandis que la sensibilité est la probabilité d’être diagnostiqué positif lorsque l’on est bien infecté. Lorsqu’il existe un test de référence avec une sensibilité et une spécificité parfaite, il est facile d’estimer la sensibilité et la spécificité d’autres tests en les comparant à ce dernier. En l’absence de test de référence, comme ce fut le cas pour cette épidémie de peste, les auteurs ont dû estimer les performances de chaque test puis la prévalence de l’épidémie. Pour cela, il ont utilisé la méthode dite des classes latentes qui s’appuie sur la comparaison des résultats de différents tests imparfaits. Cette analyse a révélé que la biologie moléculaire avait les meilleurs performances ; et que le test rapide de détection avait une spécificité limitée durant l’épidémie de peste de 2017. Ses performances étaient meilleures l’année suivante, en 2018, suggérant que le contexte de réponse à une grande épidémie peut impacter la qualité du diagnostic.

Combiner les résultats pour reconstruire une épidémie

Une fois connues les performances des différents tests, les chercheurs ont déterminé comment améliorer les algorithmes de classification des cas pour minimiser les risques de faux-positifs et faux-négatifs. Ils ont aussi pu reconstruire, de façon plus fine, les tendances épidémiologiques de l’épidémie dans l’espace et le temps. Une meilleure classification des cas est particulièrement importante pour l’allocation de ressources rares, par exemple en ciblant avec précision les efforts de recherche des contacts là où l’incidence est la plus forte.   Cela évite de déployer des ressources en cas de faux-positifs et  optimise l’impact des installations de test mobiles.

Si le développement et la disponibilité de diagnostics de haute qualité restent une priorité, ce cadre analytique pourrait être un outil précieux pour réduire les incertitudes face à d’autres maladies infectieuses ne disposant pas de diagnostic de référence. Il est notamment déjà utilisé par l’Institut Pasteur de Madagascar pour diagnostiquer les cas de tuberculose.


Pour aller plus loin :
Evaluating and optimizing the use of diagnostics during epidemics: Application to the 2017 plague outbreak in Madagascar
Plos Biology, 15 août 2022.
Quirine ten Bosch†*, Voahangy Andrianaivoarimanana, Beza Ramasindrazana, Guillain Mikaty, Rado JL Rakotonanahary, Birgit Nikolay, Soloandry Rahajandraibe, Maxence Feher, Quentin Grassin, Juliette Paireau, Soanandrasana Rahelinirina, Rindra Randremanana, Feno Rakotoarimanana, Marie Melocco,Voahangy Rasolofo, Javier Pizarro-Cerda, Anne-Sophie Le Guern, Eric Bertherat, Maherisoa Ratsitorahina, André Spiegel, Laurence Baril, Minoarisoa Rajerison, Simon Cauchemez
† Ces auteurs ont contribué à parts égales à ce travail.
* Auteur correspondant.
https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001736

Une étude conduite dans le cadre du projet Afriobiota qui implique plusieurs membres du Pasteur Network, en collaboration avec l’Université de Lausanne, décrypte le lien entre l’écosystème intestinal et les retards de croissance qui affectent les enfants dénutris. Les résultats de ces travaux ayant inclus près de 1000 enfants âgés de 2 à 5 ans entre 2016 et 2018 sont publiés dans la revue PNAS.

Chez les enfants, la dénutrition – c’est-à-dire la consommation et/ou l’assimilation insuffisante de nourriture pour couvrir les besoins de l’organisme – se manifeste principalement par des retards de croissance. Ces derniers toucheraient, selon l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture, 22% des moins de 5 ans à l’échelle mondiale (estimation pour l’année 2020).

Cette étude s’intéresse au rôle des communautés microbiennes intestinales (microbiote) dans la dénutrition. Conduite au sein du Pasteur Network, cette recherche a été coordonnée par le Pr Philippe Sansonetti, et menée pendant six ans par l’Institut Pasteur en collaboration avec l’Institut Pasteur de Madagascar et l’Institut Pasteur de Bangui dans le cadre du projet Afriobiota soutenu par la Fondation Total. Les travaux, réalisés à Madagascar et en République centrafricaine auprès de 1000 enfants âgés de 2 à 5 ans, ont mis en évidence que plus de 80% des sujets avec un retard de croissance présentent une pullulation bactérienne anormale dans l’intestin grêle (small intestinal bacterial overgrowth, SIBO). Il s’agit plus spécifiquement de bactéries initialement présentes dans la bouche qui prolifèrent dans l’intestin grêle. À l’aide de modèles expérimentaux (des cultures de cellules et des souris), les chercheurs ont montré que ce phénomène freine l’assimilation des lipides. Cette malabsorption des graisses pourrait en partie expliquer le retard de croissance dont souffrent les enfants.


Pour aller plus loin :
Stunted children display ectopic small intestinal colonization by oral bacteria, which cause lipid malabsorption in experimental models
PNAS, 05 octobre 2022.
Pascale Vonaesch*, João R. Araújo, Jean-Chrysostome Gody, Jean-Robert Mbecko, Hugues Sanke, Lova Andrianonimiadana, Tanteliniaina Naharimanananirina, Synthia Nazita Ningatoloum, Sonia Sandrine Vondo, Privat Bolmbaye Gondje, Andre Rodriguez-Pozo, Maheninasy Rakotondrainipiana, Kaleb Jephté Estimé Kandou, Alison Nestoret, Nathalie Kapel, Serge Ghislain Djorie, B. Brett Finlay, Laura Wegener Parfrey, Jean-Marc Collard, Rindra Vatosoa Randremanana, Philippe J. Sansonetti* and The Afribiota Investigators
* Auteurs correspondants.
https://doi.org/10.1073/pnas.2209589119
Flash Recherche de l’Université de Lausanne

Le virus du monkeypox (MPXV) est un pathogène tropical négligé dont l’émergence récente a accéléré l’étude. Dans ce contexte, les chercheurs du Pasteur Network ont mis au point des tests de diagnostic rapide du MPXV qui peuvent être visualisés à l’œil nu en moins de 30 minutes, et qui sont aussi cohérents que le test d’acide nucléique basé sur la PCR actuellement utilisé pour le diagnostic du MPXV. Ce nouvel outil de diagnostic contribuera au contrôle et à la prévention des épidémies de MPXV.

En mai 2022, des épidémies de virus du monkeypox (MPXV) ont été signalées simultanément en Europe, en Amérique du Nord et en Amérique du Sud, en dehors des régions d’endémie du virus en Afrique. Les chercheurs du Pasteur Network ont collaboré pour développer et valider des tests de détection rapide du MPXV. Ces tests nouvellement conçus peuvent produire des résultats fiables par fluorescence ou par flux latéral sur une bandelette en 20 à 30 minutes. Menée par les équipes d’Emmanuel Nakouné (Institut Pasteur de Bangui) et de Nicolas Berthet et Gary Wong (Institut Pasteur de Shanghai), l’étude présentant les résultats de ces tests de diagnostic rapide a été publiée dans la revue Viruses.

Les tests sont basés sur l’amplification isotherme d’une région ciblée du génome du virus, et sont basés sur la recombinase avec ou sans CRISPR/Cas12. Les tests ont donné des résultats cohérents avec le test moléculaire de référence, la PCR en temps réel, pour les 19 échantillons cliniques utilisés pour valider le test. En outre, les tests étaient spécifiques et ne présentaient pas de réaction croisée avec d’autres poxvirus, tels que le virus de la vaccine.

Le MPXV, un pathogène tropical négligé, est étroitement lié à la variole, une maladie qui a été éradiquée chez l’homme depuis les années 1980. Bien que des épidémies de MPXV soient régulièrement signalées en Afrique parmi les communautés les plus pauvres, la maladie reste peu étudiée, même après que la première épidémie de MPXV a été signalée en dehors de la zone d’endémie aux États-Unis en 2003. La détection rapide, sensible et spécifique du MPXV est essentielle pour informer les autorités sanitaires des cas suspects le plus rapidement possible, afin de suivre l’évolution des épidémies. Ces résultats fournissent donc une plateforme de point de soins pour le diagnostic précoce des cas potentiels de MPXV, et contribueront à la prévention et au contrôle des épidémies actuelles et futures de MPXV.


Pour aller plus loin :
Article de l’Institut Pasteur de Bangui
Développement et caractérisation de tests d’amplification isothermes basés sur la recombinase (RPA/RAA) pour la détection rapide du virus Monkeypox
Viruses, Septembre 2022.
Lingjing Mao, Jiaxu Ying, Benjamin Selekon, Ella Gonofio, Xiaoxia Wang, Emmanuel Nakoune, Gary Wong*, Nicolas Berthet*
* Auteurs correspondants.
https://doi.org/10.3390/v14102112.

La première conférence des journalistes scientifiques francophones s’est tenue à Dakar du 10 au 16 octobre 2022. Elle a rassemblé près de 60 journalistes de plus de 20 nationalités[1]. Avec pour objectif de transmettre les savoirs scientifiques de ses membres, experts de la santé globale, Pasteur Network était partenaire de l’événement. Cela implique la mise en relation entre les chercheurs et les journalistes afin que ces derniers relaient, à leur tour, des informations vérifiées auprès des populations. Cet engagement pour une information scientifique de qualité s’est traduit par l’intervention de plusieurs scientifiques de l’Institut Pasteur de Dakar lors de l’événement.

Organisée par le Réseau des Journalistes scientifiques d’Afrique Francophone (RJSAF) avec l’Association des journalistes scientifiques de la presse d’information (AJSPI), l’Association des communicateurs scientifiques du Québec (ACS) et l’Association suisse du journaliste scientifique, la conférence s’est tenue au Centre d’Études des Sciences et Techniques de l’Information (CESTI) de l’Université Cheikh-Anta-Diop (UCAD).

La thématique principale de la conférence a porté sur le journalisme face à l’urgence climatique. Parmi les thèmes abordés proposés par les organisateurs, plusieurs portaient sur des sujets de santé, domaine d’expertise des membres du Pasteur Network comme l’Institut Pasteur de Dakar.

Les maladies négligées et émergentes en Afrique 

Le Dr Xavier Berthet, Directeur scientifique de l’Institut Pasteur de Dakar est intervenu avec le Dr Digas Ngolo Tete de DNDi lors d’un panel d’experts sur « Les maladies négligées et émergentes en Afrique »le lundi10 octobre, jour d’ouverture de la conférence. Leur intervention a permis de faire un tour d’horizon de ces maladies causées, pour la plupart, par des parasites (maladie du sommeil, schistosomiase) ou des bactéries (trachome, ulcère de buruli), et qui peuvent être très invalidantes pour les personnes atteintes. Le Dr Xavier Berthet a expliqué comment convertir la douleur des populations concernées en valeur à travers les dispositifs mis en place à l’Institut Pasteur de Dakar comme la fabrication de produits biologiques via son futur vaccinopole en construction à Diamniadio ou bien la surveillance des maladies infectieuses.

Zoonoses : situation et défis à l’heure des changements climatiques 

Un panel d’experts en virologie de l’Institut Pasteur de Dakar a abordé la question des « Zoonoses : situation et défis à l’heure des changements climatiques »mercredi 12 octobre. Le Dr Jean-Michel Héraud a rappelé que 75% des émergences récentes ont une origine zoonotique. Encore peu de virus sont connus comme infectant l’homme en regard de l’estimation de la totalité des virus de notre planète que l’on appelle « virôme ».  Les facteurs d’émergences comme la démographie, l’urbanisation anarchique, les modifications d’origine humaine sur l’environnement et les changements climatiques ont été expliqués aux journalistes. Le Dr Oumar Faye, Pasteur Network Talent Award 2019, a rappelé le rôle des Centres Collaborateurs de l’OMS,utiles pour l’identification des virus impliqués. Il a fait part de ses expériences des épidémies d’Ebola ou, plus récemment, de Zika au Brésil. Ces dernières lui ont successivement permis d’anticiper et se préparer aux épidémies, comme avec le laboratoire mobile qui facilite l’accès aux prélèvements et accélère l’identification du virus. Les chercheurs ont souligné les approches « One Health » et visant à identifier les réservoirs des virus et le recours à la surveillance génomique pour détecter rapidement de nouvelles menaces pour la santé humaine et animale et mieux anticiper leurs émergences.  

Quatre journées de conférences ont suivi et couvert également d’autres domaines scientifiques comme les modèles agricoles dans un climat à + 1,5°C, vu la tenue d’ateliers journalistiques, etc. Une visite d’un laboratoire de virologie de l’Institut Pasteur de Dakar et du site de production de Diamniadio a clôturé cette semaine.

Programme complet : https://www.cmjsf.org/programme/


[1] Pays représentés : Bénin, Burkina Faso, Burundi, Cameroun, Canada, Côte d’Ivoire, Égypte, France, Guinée, Haïti, Madagascar, Mali, Maroc, Niger, République Centrafricaine, République Démocratique du Congo, Rwanda, Sénégal, Suisse, Togo, Tunisie

Le séquençage génomique permet le suivi en direct de la propagation d’un virus. Une publication Science parue le 15 septembre 2022 et portant sur l’analyse de plus de 100 000 génomes, revient sur les bénéfices d’un séquençage en local tout en étudiant la dynamique de propagation du SARS-CoV-2 et de ses variants d’intérêt sur le continent africain. Plus de 300 auteurs ont combiné leurs recherches dont 10 membres du Pasteur Network qui ont partagé les séquences du SARS-CoV-2 échantillonnées localement. Les résultats montrent que la plupart des introductions du virus en Afrique émanaient de l’étranger. Ils soulignent également la nécessité d’investir pour les diagnostics et la surveillance génomique en Afrique afin de se préparer et répondre au mieux aux futures émergences et épidémies.

Cette étude révèle une cartographie de la dynamique de transmission de la Covid-19 sur le continent africain. L’augmentation des capacités de séquençage en local a permis d’obtenir de meilleurs délais d’exécution ainsi qu’une surveillance de routine plus régulière. Les membres du Pasteur Network ont partagé, via l’initiative GISAID, les séquences du SARS-CoV-2 dans le cadre des projets REPAIR puis AFROSCREEN.

La propagation des différents variants de la Covid-19 dans le continent a été hétérogène, en particulier pour les variants Alpha, Beta, Delta et Omicron qui ont suivi et suivent encore des schémas de dispersion distincts. Le variant Alpha ayant sévi sur le continent émanait principalement d’Europe avant de se répandre dans 43 pays. La plus grande partie (environ 72 %) des introductions du variant Delta venait d’Inde tandis que les introductions entre pays africains de ce même variant représentaient seulement 7 % des cas. Concernant le variant Omicron, ses émergences provenaient aussi bien d’Europe, que d’Amérique du Nord que d’Asie.

Les 200 institutions signataires[1] de cette étude constituent aujourd’hui le plus grand consortium de scientifiques africains et d’institutions de santé publique unis pour répondre à la Covid-19 à l’aide de données locales. La mise en place des Africa Pathogen Genomics initiatives par l’Africa CDC et du réseau continental par l’Africa CDC et l’OMS AFRO témoigne de la volonté d’élargir l’accès au séquençage à tout le continent. À l’instar de cette étude, un suivi soutenu reste essentiel pour maintenir une surveillance de qualité tant sur la circulation de la Covid-19 mais également sur d’autres maladies infectieuses émergentes ou ré-émergentes qui peuvent toucher l’Afrique.


Pour aller plus loin :
The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance
Science, 15 septembre 2022.
Houriiyah Tegally, Tulio de Oliveira*, Eduan Wilkinson†* et al.
Ces auteurs ont contribué à parts égales à ce travail.
* Auteurs correspondants.
DOI: 10.1126/science.abq5358
Communiqué de presse : https://africacdc.org/news-item/a-continent-wide-collaboration-on-genomics-surveillance-show-the-power-of-african-science-and-how-the-majority-of-covid-19-variants-were-introduced-into-africa/

[1] Cette étude a été menée par le Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI) de la Stellenbosch University, et la KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP) de l’University of KwaZulu-Natal, en coordination avec l’Africa CDC, l’OMS AFRO et plus de 200 institutions partenaires dont 10 membres du Pasteur Network : le Centre Pasteur du Cameroun, le CERMES Niger, l’Institut Pasteur, l’Institut Pasteur d’Algérie, l’Institut Pasteur de Bangui, l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire, l’Institut Pasteur de Dakar, l’Institut Pasteur de Guinée, l’Institut Pasteur de Madagascar, l’Institut Pasteur de Tunis