Quelles origines pour les variants de la Covid-19 en Afrique ?

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Le séquençage génomique permet le suivi en direct de la propagation d’un virus. Une publication Science parue le 15 septembre 2022 et portant sur l’analyse de plus de 100 000 génomes, revient sur les bénéfices d’un séquençage en local tout en étudiant la dynamique de propagation du SARS-CoV-2 et de ses variants d’intérêt sur le continent africain. Plus de 300 auteurs ont combiné leurs recherches dont 10 membres du Pasteur Network qui ont partagé les séquences du SARS-CoV-2 échantillonnées localement. Les résultats montrent que la plupart des introductions du virus en Afrique émanaient de l’étranger. Ils soulignent également la nécessité d’investir pour les diagnostics et la surveillance génomique en Afrique afin de se préparer et répondre au mieux aux futures émergences et épidémies.

Cette étude révèle une cartographie de la dynamique de transmission de la Covid-19 sur le continent africain. L’augmentation des capacités de séquençage en local a permis d’obtenir de meilleurs délais d’exécution ainsi qu’une surveillance de routine plus régulière. Les membres du Pasteur Network ont partagé, via l’initiative GISAID, les séquences du SARS-CoV-2 dans le cadre des projets REPAIR puis AFROSCREEN.

La propagation des différents variants de la Covid-19 dans le continent a été hétérogène, en particulier pour les variants Alpha, Beta, Delta et Omicron qui ont suivi et suivent encore des schémas de dispersion distincts. Le variant Alpha ayant sévi sur le continent émanait principalement d’Europe avant de se répandre dans 43 pays. La plus grande partie (environ 72 %) des introductions du variant Delta venait d’Inde tandis que les introductions entre pays africains de ce même variant représentaient seulement 7 % des cas. Concernant le variant Omicron, ses émergences provenaient aussi bien d’Europe, que d’Amérique du Nord que d’Asie.

Les 200 institutions signataires[1] de cette étude constituent aujourd’hui le plus grand consortium de scientifiques africains et d’institutions de santé publique unis pour répondre à la Covid-19 à l’aide de données locales. La mise en place des Africa Pathogen Genomics initiatives par l’Africa CDC et du réseau continental par l’Africa CDC et l’OMS AFRO témoigne de la volonté d’élargir l’accès au séquençage à tout le continent. À l’instar de cette étude, un suivi soutenu reste essentiel pour maintenir une surveillance de qualité tant sur la circulation de la Covid-19 mais également sur d’autres maladies infectieuses émergentes ou ré-émergentes qui peuvent toucher l’Afrique.


Pour aller plus loin :
The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance
Science, 15 septembre 2022.
Houriiyah Tegally, Tulio de Oliveira*, Eduan Wilkinson†* et al.
Ces auteurs ont contribué à parts égales à ce travail.
* Auteurs correspondants.
DOI: 10.1126/science.abq5358
Communiqué de presse : https://africacdc.org/news-item/a-continent-wide-collaboration-on-genomics-surveillance-show-the-power-of-african-science-and-how-the-majority-of-covid-19-variants-were-introduced-into-africa/

[1] Cette étude a été menée par le Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI) de la Stellenbosch University, et la KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP) de l’University of KwaZulu-Natal, en coordination avec l’Africa CDC, l’OMS AFRO et plus de 200 institutions partenaires dont 10 membres du Pasteur Network : le Centre Pasteur du Cameroun, le CERMES Niger, l’Institut Pasteur, l’Institut Pasteur d’Algérie, l’Institut Pasteur de Bangui, l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire, l’Institut Pasteur de Dakar, l’Institut Pasteur de Guinée, l’Institut Pasteur de Madagascar, l’Institut Pasteur de Tunis

Pour citer cette actualité:

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Pasteur Network